Obsidianで論文管理・文献整理する完全ガイド｜Zotero連携・引用メモ・MOC作成も解説【2026年版】

プロンプト例

セットアップ手順:

1. Zoteroをインストール（zotero.org）
2. Better BibTeX プラグインをZoteroに追加
3. Obsidian Citations プラグインをインストール
4. Citationsプラグインの設定:
   - Citation Database path: Zoteroの .bib ファイルパスを指定
   - Literature note folder: Papers/
   - Template file: Templates/Paper.md

論文追加のワークフロー:
1. PubMed・Google Scholar・arXivで論文を見つける
2. Zotero Connector（ブラウザ拡張）でワンクリック保存
3. ObsidianでCmd+Shift+E → 論文を検索 → ノート自動作成
4. テンプレートに従って読書メモを記入
5. 関連論文に [[リンク]] を貼る

引用の書き方:
先行研究によれば[@Smith2023]、この手法は有効である。
複数の研究[@Tanaka2022; @Lee2024]で報告されている。

→ Pandocで変換すると参考文献リストが自動生成される

プロンプト例

論文ノートテンプレート（Templates/Paper.md）:

---
title: {{title}}
authors: {{authors}}
year: {{year}}
journal: {{journal}}
doi: {{doi}}
tags: #論文 #{{research_area}}
status: 未読 / 読書中 / 読了
rating: ⭐⭐⭐⭐⭐
date_added: {{date:YYYY-MM-DD}}
---

## 📝 一文要約


## 🎯 研究の背景・動機
なぜこの研究が必要だったのか？

## 🔬 研究手法
どのような方法で調査・実験したか？

## 📊 主要な発見（Key Findings）
-
-
-

## 💡 自分の解釈・疑問点
この論文から何を学んだか？疑問点は？

## 🔗 関連論文
- [[論文A]] - この論文を引用している
- [[論文B]] - 同じ手法を使っている
- [[論文C]] - 反対の結果を報告

## 🧪 自分の研究への応用
この論文の手法・発見を自分の研究にどう活かせるか？

## 📌 重要な引用
> "引用文"（p.42）

自分のコメント: [[関連概念]]

---
参考文献: [@Smith2023]

プロンプト例

文献レビューの構成:

1. テーマ別のMOC作成
📄 [[MOC-強化学習の文献レビュー.md]]

## 基礎理論
- [[Sutton1998-強化学習の基礎]]
- [[Watkins1989-Q学習の提案]]

## 深層強化学習
- [[Mnih2015-DQN]]
- [[Silver2016-AlphaGo]]

## 応用事例
- [[論文A-ロボティクス応用]]
- [[論文B-ゲームAI応用]]

## 未解決の課題
- サンプル効率の悪さ → [[論文C]] で提案
- 報酬設計の難しさ → [[論文D]] でレビュー

2. Dataviewで論文リスト自動生成
```dataview
TABLE authors, year, journal, status, rating
FROM #論文
WHERE contains(tags, "#強化学習")
SORT year DESC
```

3. 文献レビュー本文の執筆
各論文ノートから重要な引用を参照しながら、
ObsidianまたはPandocで本文を執筆。

4. 参考文献リストの自動生成
Pandocで変換時に --bibliography で .bib ファイルを指定すると、
引用した論文だけが自動で参考文献リストに追加される。

プロンプト例

実験ノートのフォルダ構成:

📁 Research/
  📁 Experiments/
    - [[実験001-化合物Aの反応速度測定.md]]
    - [[実験002-pH変化の影響調査.md]]
  📁 Lab Journal/
    - [[2026-06-30-実験日誌.md]]
  📁 Protocols/（実験手順書）
    - [[プロトコル-ELISA法.md]]
  📁 Data/
    - [[実験001-データ.xlsx]]

実験ノートのテンプレート:
---
title: 実験{{date:YYYYMMDDHHmm}}-<タイトル>
date: {{date:YYYY-MM-DD HH:mm}}
tags: #実験 #研究テーマA
status: 進行中 / 完了 / 失敗
---

## 🎯 目的


## 💭 仮説


## 🧪 材料・試薬
-
-

## 📋 実験手順
参照: [[プロトコル名]]

1.
2.
3.

## 📊 結果
### データ
![[実験データ.xlsx]]

### 観察事項


## 🤔 考察


## ⚠️ 問題点・改善点


## 📌 次回への課題


## 🔗 関連実験
[[前回の実験]] [[参考論文]]

実験日誌（Daily Note）:
# 2026-06-30 実験日誌

## 今日の実験
- [[実験015]] 継続
- [[実験016]] 開始

## 気づき・問題点
- 温度計の校正が必要

## 明日の予定
- [ ] 実験016のデータ解析

プロンプト例

MOCの作り方:

📄 [[MOC-機械学習研究.md]]

# 機械学習研究 - MOC

## 📚 基礎理論
- [[教師あり学習の基礎]]
- [[ニューラルネットワークの数学]]
- [[最適化アルゴリズム]]

## 📖 論文（分野別）
### 深層学習
- [[LeCun1998-CNN]]
- [[Vaswani2017-Transformer]]
- [[Brown2020-GPT-3]]

### 強化学習
- [[Sutton1998-RLの基礎]]
- [[Silver2016-AlphaGo]]

## 🧪 自分の実験
- [[実験001-MNISTでCNN学習]]
- [[実験005-Transformerの実装]]

## 💡 研究アイデア
- [[アイデア-注意機構の新しい応用]]
- [[アイデア-少数サンプル学習の改善]]

## 📝 文献レビュー
- [[文献レビュー-Transformerの発展]]

## 🔗 上位MOC
[[MOC-博士研究全体]]

## 📊 進捗管理
```dataview
TASK
FROM #機械学習
WHERE !completed
```

階層構造の例:
- [[MOC-博士研究全体]]（最上位）
  - [[MOC-機械学習研究]]
    - [[MOC-深層学習]]
    - [[MOC-強化学習]]
  - [[MOC-実験データ整理]]

プロンプト例

グラフビューの活用法:

1. 全体グラフを開く: Cmd+G

2. フィルター設定:
   - Tags: #論文 だけ表示
   - Groups:
     - #深層学習 → 青
     - #強化学習 → 緑
     - #実験 → 赤

3. グラフから分かること:
   - 大きなノード → 多くの論文から引用されている重要論文
   - 孤立したノード → まだ他の論文と繋がっていない（リンクを追加すべき）
   - クラスター → 関連する論文群（サブテーマ）

4. 研究の流れを可視化:
   - 時系列で論文を並べると、研究の進化が見える
   - 自分の実験ノートと論文の繋がりが明確になる

活用例:
「[[Vaswani2017-Transformer]]が多くの論文から
リンクされていることに気づいた
→ このテーマを深掘りすべき」

プロンプト例

論文執筆のワークフロー:

1. Obsidianで執筆
📁 Papers/MyPaper2026/
  - [[00-アウトライン.md]]
  - [[01-Introduction.md]]
  - [[02-Methods.md]]
  - [[03-Results.md]]
  - [[04-Discussion.md]]
  - [[references.bib]]（BibTeX）

2. 引用の書き方
先行研究[@Smith2023]によれば...
複数の研究[@Tanaka2022; @Lee2024]で...

3. 図表の挿入
![[figure1.png]]

4. Pandocで変換
```bash
# Word形式
pandoc *.md -o paper.docx \
  --bibliography references.bib \
  --csl apa.csl

# PDF形式
pandoc *.md -o paper.pdf \
  --bibliography references.bib \
  --csl nature.csl

# LaTeX形式
pandoc *.md -o paper.tex \
  --bibliography references.bib
```

5. 参考文献リスト自動生成
Pandocが引用した論文だけを抽出して
参考文献リストを自動生成

メリット:
- Markdownで執筆→複数フォーマットに変換可能
- バージョン管理がGitで簡単
- 共著者とのレビューがスムーズ
- 論文の構造をグラフビューで俯瞰

プロンプト例

必須プラグイン:

1. **Citations** - Zotero連携・引用管理
   設定: Citation Database path に .bib ファイルを指定
   使い方: Cmd+Shift+E で論文検索→ノート自動作成

2. **Dataview** - 論文リスト・実験進捗の自動集計
   ```dataview
   TABLE authors, year, status
   FROM #論文
   WHERE status = "未読"
   ```

3. **Templater** - 実験ノート・論文メモのテンプレート自動化
   設定: Templates/ フォルダに各種テンプレート配置
   使い方: Cmd+P → Templater: Insert Template

4. **Excalidraw** - 図表・研究構想図の作成
   使い方: 実験のフローチャート、研究の構造図を手書き風に作成

5. **Obsidian Git** - 研究ノートのバージョン管理
   設定: Auto backup interval: 10分
   効果: 変更履歴を追跡、複数デバイス間で同期

インストール方法:
設定 → Community plugins → Browse → 検索してインストール

プロンプト例

ダッシュボードの例（Dashboard.md）:

# 📊 研究ダッシュボード

## 📚 未読論文リスト
```dataview
TABLE authors, year, journal
FROM #論文
WHERE status = "未読"
SORT year DESC
```

## 📖 読書中の論文
```dataview
TABLE authors, year, rating
FROM #論文
WHERE status = "読書中"
```

## ⭐ 高評価論文（5つ星）
```dataview
TABLE authors, year, journal
FROM #論文
WHERE rating = "⭐⭐⭐⭐⭐"
SORT year DESC
```

## 🧪 進行中の実験
```dataview
TABLE status, date
FROM #実験
WHERE status = "進行中"
SORT date DESC
```

## ✅ 今週の完了タスク
```dataview
TASK
FROM #研究
WHERE completed
WHERE completion >= date(today) - dur(7 days)
```

## 📊 分野別の論文数
```dataview
TABLE length(rows) AS "論文数"
FROM #論文
FLATTEN file.tags AS tag
GROUP BY tag
SORT length(rows) DESC
```

プロンプト例

Git同期の設定:

1. GitHubでプライベートリポジトリ作成
   例: my-research-vault

2. Obsidianのボルトでgit init
   ```bash
   cd ~/Documents/ResearchVault
   git init
   git remote add origin https://github.com/username/my-research-vault.git
   git add .
   git commit -m "initial commit"
   git push -u origin main
   ```

3. Obsidian Gitプラグインをインストール

4. 設定:
   - Auto backup interval: 10分
   - Auto pull interval: 5分
   - Commit message: "vault backup: {{date}}"

5. 別デバイスでクローン
   ```bash
   git clone https://github.com/username/my-research-vault.git
   ```

6. 自動で同期される

メリット:
- 完全無料
- 変更履歴を追跡できる
- 複数デバイスで同時編集も可能
- GitHubがバックアップになる